Это не глюк, это питание драмы 5в, а питание фпга (IO-буферов) 3.3в. Лог. 1 в ттл -- 2.4в, FPGA 5v-tolerant, так что всё в норме.
Что касается недопаев -- в rev.C, насколько я помню, нет тепловых барьеров на площадки питания dram, потому их пропаять трудно. Собс-но, я бы и начал с их пропайки. Ну и ессно все ножки драмы и fpga надо прозвонить на обрыв и замыкание с соседними, не надеясь на глаза.